اين بنا در اوايل قرن 9 هجري توسط عارف شهير، شاه نعمت الله ولي (متوفي 834 هجري و مدفون در ماهان كرمان) به هنگام مسافرت به تفت ساخته شده و در طي سال‌ها يكي از پايگاه‌هاي سلسله نعمت اللهي در اين منطقه بوده و تعدادي از فرزندان و نوادگان شاه ولي در آنجا اقامت داشتند. در سال 925 ه‍.ق. و بعد از كشته شدن شاه خليل ثاني ( از نوادگان شاه ولي) در هرات، جسدش را به تفت آورده و در خانقاه شاه ولي به خاك سپردند و به همين جهت بنا با گذشت زمان به بقعه يا خانقاه شاه خليل، تغيير نام داده است. اين بنا در بازسازي هاي بعدي، جاي خود را به بقعه، حسينيه و مسجد داده است. امروزه از اين خانقاه تنها بقعه شاه خليل باقي مانده كه طرحي مربع با پوشش گنبدي دارد.

---

آثار به نمایش در آمده در موزه
 -نسخ خظی شامل قران و ادعیه و سایل کتابت.
-ابزار و آلات مشاغل سنتی تفتاز قبیل حلاجی، نخ ریسی، نوغان داری، تار سازی و چیلانگری ( آهنگری ) در قالب نمایش توسط مولاژ و پیکره های انسانی.
-وسایل تعزیه از جمله: سپر،زره، شمشیر، سرپنجه و ...
-وسایل موقوفه موجود در بقعه شاه خلیل شامل: زیلو، انواع آیینه، تابلو، چراغ، شمعدان و ...
-وسایل روشنایی از قبیل : پیه سوز و چراغ لامپا
-وسایل نگهداری مواد غذایی و طبخ و صرف غذا ( دیگ سنگ، کاسه و بشقاب  مسی، آفتابه سلبچه، کوزه سفالی و سبد حصیری)
-وسایل مربوط به استحمام شامل: سینی زیرپایی، سنگ حنا بندان و طاس حمام
-انواع طپانچه و باروت دان

---

آدرس: یزد، شهرستان تفت، میدان شاه ولی